Bory Jenő a XIX. század utolsó évében kezdte, Székesfehérvár város 200 koronás milléneumi ösztöndíjával tanulmányait a Műegyetemen. Az ott elsajátítható szakmát akkor még műépítészetnek hívták. Ha egy pillantást vetünk Bory Jenő 1901-es leckekönyvébe, a felsorolt tárgyak és a tanárok nevei érdekes adalékként támasztják alá, miért élt tovább Magyarországon még a századforduló után is olyan sokáig a historizáló felfogás az építészetben. Középkori alaktan, ókori építészet, ékítménytan nevű tárgyakról olvashatunk többek között. Hauszmann Alajos a reneszánsz korszak művészetével és építészetével ismertette meg a hallgatókat. Schulek Frigyes és Steindl Imre középkori építéstant adtak elő. A kor tudományos és technikai életének legjobb képviselői olyan értékrendet és légkört alakítottak ki a Műegyetemen, mely nagyban hozzájárult az ott folyó oktatás európai színvonalra emeléséhez. Bory Jenő fogékonyságát a jó anyagok, a merész technikai megoldások, az újítások iránt bizonyára az innen kapott inspirációk is elősegítették. Második szigorlata után összesítve kitűnő eredményt ért el, de a szépreményű ifjút mégis inkább a mintázás érdekelte, mely már akkor is szerepelt a mérnökhallgatók tanrendjében, igaz nem túl nagy hangsúllyal. Éppen ő lesz, aki jó húsz évvel később a Műegyetem Építészmérnöki Karán egészen 1944-ig a mintázást tanítja majd.
A műegyetemi vizsgák sikeres letétele után mindenképp szobrászként szerette volna magát tovább képezni, de Magyarországon akkor ez jószerével lehetetlennek bizonyult. Csak az Országos Magyar Királyi Mintarajziskola és Rajztanárképző létezett, ahol nem működött szobrászosztály. Bory Jenő, miután letöltötte a kötelező sorkatonai szolgálatát, jelentkezett szobrásznövendéknek, így minisztériumi hozzájárulással megalakulhatott a szobrászosztály. Bory Jenő így hozzájárult, hogy Magyarországon megindult a szobrászművészek képzése. Az így kibővült intézmény 1908-ban vette fel az Országos Magyar Királyi Képzőművészet Főiskola nevet. Két évig volt a szobrászosztály növendéke. Ekkor készült el első műve, a Bandika (1905), a gyerekszobor szerepelt az Országos Képzőművészeti Társulat 1906-os kiállításán.
Az 1906-1907-es tanévben állami ösztöndíjjal kétéves tanulmányútra indult Német- és Olaszországba. Bory Jenő életének meghatározó élménye volt Carrara felkeresése. „Ott faragtam egy márványszobrot, ahol Michelangelo az ő Piétáját.” Két jelentős szobra született itt, a felesége fiatalkori portréja, és a Mona Vanna.